9-го октября 2016 года в день памяти своего небесного покровителя за заслуги перед Украинской Православной Церковью и по случаю 20-летия возрождения Харьковской духовной школы Харьковская духовная семинария была награждена орденом святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова первой степени. Эту высочайшую награду коллективу Семинарии вручил Предстоятель Украинской Православной Церкви Блаженнейший митрополит Киевский и всея Украины Онуфрий во время своего визита в город Харьков.

14-го октября 2016 года, в праздник Покрова Божьей Матери, в здании Архиерейской резиденции Харьковская духовная семинария была награждена грамотой Харьковского областного совета за весомый социально значимый вклад в утверждение основ христианской морали и духовности, обеспечение согласия в обществе и по случаю 20-летия своего возрождения. Грамоту представителям ХДС вручил лично присутствовавший на торжествах председатель областного совета С. Чернов.