Духовное образование в Харькове берет свое начало с давних времен.
С XVIII до начала XIX века просветительским центром Слободской Украины был Харьковский коллегиум. Его история начинается с 1726 года, когда Белгородский епископ Епифаний (Тихорский), воспитанник Киево-Могилянской академии, своим указом перевел славяно-греко-латинскую духовную школу, состоявшую при Николаевском Белгородском монастыре, в город Харьков. Покровителем Харьковского коллегиума был генерал-фельдмаршал князь М. М. Голицын, который находился в Харькове и руководил войсками Слободской Украины.
Духовная школа располагалась в двухэтажном каменном доме, находящемся рядом с Покровской церковью, на территории харьковской крепости. Изначально планировалось, что школа будет для всех сословий, в ней будут обучаться дети духовенства и светских лиц, отчего она в 1734 г. получила статус коллегиума. В отдельные годы в коллегиуме обучалось до 800 человек.
В системе образования образцом для Харьковского коллегиума служила Киево-Могилянская академия. Но перечень учебных дисциплин в коллегиуме был шире. В 1730 году были открыты классы славяно-русского языка (русскому языку в коллегиуме уделялось особое внимание), латинского языка, поэтики, риторики, философии, богословия, в 1740 году - греческого, французского и немецкого языков, в 1768 году - математики, геометрии, архитектуры, географии, итальянского языка, в 1779 году - музыки, в 1795 г. - физики и естественной истории, в 1808 году - сельского хозяйства и медицины. Воспитанники коллегиума учились составлять и произносить проповеди, проводить диспуты на латинском и русском языках, сочинять стихи. Богословие преподавалось по Феофану Прокоповичу, риторика и русская словесность по Михаилу Ломоносову. В 1805 г. в библиотеке коллегиума было более 2000 книг на разных языках. Выпускники коллегиума могли служить и в духовных, и в гражданских ведомствах. В 1759-1769 гг. (с перерывами) в коллегиуме преподавал знаменитый философ Г.С.Сковорода. Харьковский коллегиум оставался единственным высшим учебным заведением в Слободской Украине до открытия Харьковского университета в 1805 году.
В 1805 году в Харькове был открыт университет, и роль коллегиума изменилась. Обучение было переведено на 6-летнюю программу. В 1817 г. Харьковский коллегиум был преобразован в третьеразрядную семинарию - учебное заведение исключительно для лиц духовного звания. При нем были открыты духовные, уездные и приходские училища. В коллегиум могли поступать только после уездных училищ.
Учебная программа включала следующие предметы: в низшем отделении читались риторика, поэзия, церковное красноречие, гражданская, всеобщая и русская история, латинский, греческий, французский, немецкий языки; в среднем - логика, психология, церковно-библейская история и история Нового Завета и Церкви, физика, математика, латинские и греческие писатели, французский и немецкий языки; в высшем - догматическое, нравственное, практическое и обличительное богословие, церковно-библейская история, церковная история, всеобщая и русская история, толкование Священного Писания, еврейский язык. В училище преподавался Закон Божий (краткий катехизис), начало русской грамматики, латинского и греческого языков, арифметики, чистописание и нотное пение. Главными предметы того времени были богословие, философия и словесность.
С 1813 г. лучшие выпускники получали в награду серебряные медали. С 1819 г. медалями награждали выпускников высшего богословского отделения, а учеников среднего и низшего отделения - похвальными листами и книгами. Такой порядок был до 1843 г. После приезда в Харьков епископа Иннокентия (Борисова) медалями начали награждать учеников всех классов, в последующие годы такой порядок сохранялся.
В 1840 году коллегиум был переименован в Харьковскую Духовную Семинарию. В 1841 году в учебную программу были введены новые предметы:
в высшем отделении - каноническое право, сельское хозяйство, медицина и иконописание; в среднем отделении - естественная история, сельское хозяйство и иконописание; в низшем отделении - катехизис, объяснение богослужебных книг и церковного устава, геодезия, пасхалия и иконописание.
В 1851 г. ХДС переехала в новое здание, освященное епископом Харьковским и Ахтырским Филаретом (Гумилевским). Вопрос о постройке нового, обширного и удобного помещения был поднят еще святителем Мелетием (Леонтовичем), в 1836 г. он направил в Священный Синод прошение о постройке нового здания для коллегиума. В 1844 г. были выделены деньги, и началось строительство на участке в 10 десятин на Холодной горе. При семинарии была построена и освящена церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова, были устроены ботанический сад и огород.
Согласно новому уставу с 1 июля 1868 года Харьковская Духовная Семинарию была преобразована. Три отделения были разделены на шесть одногодичных классов. Было отменено преподавание патристики, библейской истории, сравнительного богословия, сельского хозяйства, естественной истории и медицины; введены основное богословие, космография, тригонометрия и обзор философских учений. В это время в семинарии обучалось 293 ученика. В последующие годы количество учащихся в семинарии возросло: в 1907 году в ней обучалось 338 человек.
26 сентября 1908 года архиепископ Харьковский и Ахтырский Арсений (Брянцев) благословил открытие Общества вспомоществований нуждающимся воспитанникам Харьковской Духовной семинарии. Членом Ревизионной комиссии был иерей Константин Дьяков (будущий митрополит Киевский, священномученик). Для поддержи и поощрения воспитанников семинарии Указом Святейшего Синода учреждались премии.
К мерам поощрения талантливых учеников следует отнести и учреждение указом Синода от 1 ноября 1891 года премии имени протоиерея Аполлония Солодовникова, служившего в городе Валки Харьковской губернии, «на проценты с трёх тысяч рублей, для лучшего и беднейшего воспитанника семинарии, преимущественно уроженца г. Валок и уезда».
Синодальным определением от 30 сентября 1889 года утверждено положение о стипендии имени братьев Алексия и Ильи Федоровских. Они пожертвовали 25 тысяч рублей в 5% облигациях. Учреждено пять премий: четыре для воспитанников Харьковской Духовной семинарии из Сумского уезда, а одна по усмотрению архиепископа Харьковского и Ахтырского.
После Октябрьской революции 1917 года и выхода в январе 1918 года «Декрета об отделении Церкви от государства и школы от Церкви» Харьковская Духовная Семинария была закрыта. В её здании с мая 1920 года по август 1938 года находилась Школа червонных старшин имени ВУЦИКа. Долгие годы на улице Володарского, 46 размещался Харьковский институт лётчиков Военно-воздушных сил Украины, а после его закрытия, с 2008 года бывшее здание Харьковской Духовной Семинарии занимает Харьковский апелляционный административный суд.
Возрождение Харьковской Духовной Семинарии
Возрождение Харьковской Духовной Семинарии после бури богоборческого времени связано с трудами митрополита Харьковского и Богодуховского Никодима (Руснака) (1921-2011) - первого ректора возрожденной семинарии. Решением Священного Синода Украинской Православной Церкви от 19 октября 1993 года при Харьковском Епархиальном Управлении были открыты курсы двухгодичного пастырского богословского училища.
Постановлением Священного Синода УПЦ от 12 сентября 1996 г. согласно прошению на имя Митрополита Киевского и всея Украины Владимира (Сабодана) от митрополита Харьковского и Богодуховского Никодима Харьковское двухгодичное училище было реорганизовано в Харьковскую Духовную Семинарию с четырехгодичным сроком обучения.
Духовное училище, размещавшееся в Свято-Покровском монастыре, было преобразовано в духовную семинарию, которая была временно перенесена в новое здание при Свято-Петро-Павловском храме г. Харькова (ул. Шевченко, 121), где находилась до 2000 г. Первым инспектором восстановленной семинарии стал настоятель Свято-Петро-Павловского храма протоиерей Василий Каюн, приложивший немало усилий для организации учебного процесса.
22 сентября 2000 г., в год славного юбилея 2000-летия от Рождества Христова, на территории Свято-Покровского монастыря г. Харькова Ректор семинарии митрополит Харьковский и Богодуховский Никодим совершил чин освящения заново отреставрированного здания для Харьковской Духовной Семинарии. До 1917 г. в этом здании был корпус монашеских келий, а непосредственно перед передачей комплекса Свято-Покровского монастыря Харьковской епархии в нем находился военный комиссариат Дзержинского района г. Харькова.
После смерти митрополита Харьковского и Богодуховского Никодима, последовавшей 15 сентября 2011 года, Решением Священного Синода Украинской Православной Церкви от 20 июля 2012 года Журнал № 62 новым ректором ХДС был утвержден архиепископ Харьковский и Богодуховский Онуфрий (Легкий).
Преподавательская корпорация Харьковской Духовной Семинарии настывает тридцать девять человек, двадцать пять из них - преподаватели, закончившие духовную академию, восемь кандидатов богословия, два доктора богословия, кандидат педагогических наук.
При Харьковской Духовной Семинарии действуют Богословско-педагогические курсы, Иконописная школа, в 2012 году были открыты регентские курсы, класс церковных певчих.