Территория, которая с 1799 года относилась к Харьковской епархии, издавна осваивалась многими народами. Хотя в летописях и не упоминается о крещении людей, живших в то время на территории Харьковщины, тем не менее, археологические раскопки подтверждают, что у жителей уничтоженного в XIII веке города Донца было широко распространено христианство.
Харьковская епархия возникла вследствие постоянного увеличения на территории Слободской Украины в XVII—XVIII столетиях православного населения, которое нуждалось в духовном руководстве. Первоначально храмы и монастыри Слобожанщины входили в состав Патриаршей области, а с 1667 года — в состав учреждённой Белгородской епархии, во главе которой до 1721 года стояли митрополиты Белгородские. Свидетельством этой связи Харьковщины и Белогородщины служит глубокое почитание святителя Иоасафа (Горленко), епископа Белгородского и Обоянского.
16 октября 1799 года указом Святейшего Синода учреждается Слободско-Украинская и Харьковская епархия. Первым епископом нашего края стал преосвященный Христофор (Сулима; +1813), который был достойным владыкой, и имя этого архипастыря харьковчане почтительно хранят до нашего времени.
За все последующие годы на Слобоской земле были построены прекрасные храмы, ставшие украшением городов и сёл, местные художники и скульпторы создали настоящие шедевры, связанные с христианской тематикой, поэты и прозаики в своих произведениях воспевали христианские добродетели и продемонстрировали нам множество примеров человеческого достоинства и преданности праотеческой вере. Золотыми буквами в сокровищницу церковной истории вписаны имена многих наших земляков. Среди этих славных имён угодников Божиих следует упомянуть харьковского святителя Мелетия (Леонтовича), уже при жизни его почитали праведником, а простой верующий народ за кротость и благочестие именовал «Милостивым». С 1841 по 1848 годы епархией управлял святитель Иннокентий (Борисов). Знаменитый проповедник, «русский Златоуст XIX столетия», учёный-богослов и выдающийся архипастырь, трудами которого в Харьковской епархии восстановлена закрытая в годы правления Екатерины II Свято-Успенская Святогорская Лавра и Свято-Троицкий Ахтырский монастырь. Преемником святителя Иннокентия был епископ Филарет (Гумилевский; +1866). Истинный почитатель монашеской аскезы и один из первых русских церковных историков, автор фундаментального «Историко-статистического описания Харьковской епархии».
Знаменитый митрополит Московский Макарий (Булгаков; +1882), с 1859 по 1868 годы — архиепископ Харьковский и Ахтырский. На многих стезях церковного служения владыка Макарий был первопроходцем: в учреждении монастырей и новых крестных ходов, в деле издания газет и журналов духовного содержания, материальной поддержке богословских исследований и трудов светских историков.
Харьковскую епархию, как и всю Православную Церковь, не минули горькие плоды воинствующего безбожного наступления в начале XX столетия. В переломные для жизни государства и общества 1914—1918 годы правящим владыкой епархии Господь судил стать выдающемуся иерарху Вселенского Православия - приснопамятному митрополиту Антонию (Храповицкому; +1936), ставшему впоследствии Первоиерархом Русской Православной Церкви за границей.
В лютую годину «огненного искушения» (1 Пет. 4,12) с 1920-х - первой половины 1930-х годов Харьков был не только столицей Украины, но и местом ссылки для православных архиереев, подвергнутых гонениям.
В 1993 году Украинской Православной Церковью на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в 2000 году многие страстотерпцы были прославлены в лике святых.
В течение военных лет, со дня освобождения Харькова 23 августа 1943 года до победного мая 1945-го Харьковское епархиальное управление передало в Фонд обороны значительные средства.
Период конца 1980-х годов стал временем исполненным особыми знамениями, временем благотворного возрождения, которое уже сейчас многие богословы и историки называют Вторым Крещением Руси. Юбилейный 1988 год — год празднования 1000-летия Крещения Руси — всколыхнул народное сознание и принёс с собой существенные перемены в жизни Церкви и общества.
В священную историю Церкви Христовой в новой Независимой Украине навсегда вошёл 1992 год — год проведения в городе Харькове Архиерейского Собора Украинской Православной Церкви, сохранившего чистоту и единство Православия для всей Украины и избравшего мудрым Кормчим боголюбивого украинского народа Блаженнейшего Владимира (Сабодана), Митрополита Киевского и всея Украины, Предстоятеля Украинской Православной Церкви, 121 -го митрополита Киевского в более чем тысячелетней истории Православия на Святой Руси.
За годы пребывания на Харьковской кафедре приснопамятного Высокопреосвященнейшего Никодима (Руснака), митрополита Харьковского и Богодуховского (+2011), возрождены десятки святых храмов, комплекс строений на территории Покровского монастыря. В 1993 году было возрождено Харьковское Духовное училище, в 1996 году решением Учебного комитета при Священном Синоде Украинской Православной Церкви преобразованное в семинарию, восстановлены епархиальные периодические издания.
В 2000 году вышел из печати первый номер возрождённого богословско-философского журнала.
20 июля 1997 года за Божественной литургией в Свято-Борисо-Глебской женской обители с. Водяное Змиевского р-на Харьковской области произошло чудесное обновление иконы Спаса Нерукотворного. Осеняют благодатным покровом Слободскую землю чудотворные Озерянская и Песчанская иконы Царицы Небесной.
В 2000 году в Харьковской епархии учреждается викариатство (вспомогательная кафедра), первым викарным архипастырем стал Преосвященный Онуфрий, архиепископ Изюмский.
Православные храмы Слобожанщины ежедневно посещают тысячи людей, для которых ценности православной христианской веры являются основополагающими в жизни.
Процесс духовного возрождения связан с возвращением Церкви отнятых в годы советского тоталитаризма церквей, строительством новых храмов.
Знаменательным событием стало возвращение в 2009 году Харьковской епархии Свято-Успенского собора – памятника архитектуры 18 века.
Митрополит Никодим (18.04.1921 - 15.09.2011)