Территория, которая с 1799 года относилась к Харьковской епархии, издавна осваивалась многими народами. Хотя в летописях и не упоминается о крещении людей, живших в то время на территории Харьковщины, тем не менее, археологические раскопки подтверждают, что у жителей уничтоженного в XIII веке города Донца было широко распространено христианство.
Харьковская епархия возникла вследствие постоянного увеличения на территории Слободской Украины в XVII—XVIII столетиях православного населения, которое нуждалось в духовном окормлении. Первоначально храмы и монастыри Слобожанщины входили в состав Патриаршей области, а с 1667 года — в состав учреждённой Белгородской епархии, во главе которой до 1721 года стояли митрополиты Белгородские. Свидетельством этой связи Харьковщины и Белогородщины служит глубокое почитание святителя Иоасафа (Горленко), епископа Белгородского и Обоянского.
16 октября 1799 года указом Святейшего Синода учреждается Слободско-Украинская и Харьковская епархия. Первым епископом нашего края стал преосвященный Христофор (Сулима; +1813), который был достойным владыкой, и имя этого архипастыря харьковчане почтительно хранят до нашего времени.
За все последующие годы на Слобоской земле были построены прекрасные храмы, ставшие украшением городов и сёл, местные художники и скульпторы создали настоящие шедевры, связанные с христианской тематикой, поэты и прозаики в своих произведениях воспевали христианские добродетели и продемонстрировали нам множество примеров человеческого достоинства и преданности праотеческой вере. Золотыми буквами в сокровищницу церковной истории вписаны имена многих наших земляков, сынов и дочерей Святой Матери-Церкви, возвещавших истину Божию и побуждавших людей жить во Христе. Среди этих славных имён угодников Божиих следует упомянуть харьковского святителя Мелетия (Леонтовича). Основатель Харьковского университета Василий Назарович Каразин в своём слове о харьковском владыке Мелетии отмечал, что уже при жизни его почитали праведником, а простой верующий народ за кротость и благочестие именовал владыку «Милостивым». При святом архиепископе Мелетии изменился титул управляющего епархией. С 1838 года правящий архиерей Слободской земли стал именоваться «Харьковский и Ахтырский».
С 1841 по 1848 годы епархией управлял святитель Иннокентий (Борисов). Знаменитый проповедник, «русский Златоуст XIX столетия», учёный-богослов и выдающийся архипастырь, трудами которого в Харьковской епархии восстановлена закрытая в годы правления Екатерины II Свято-Успенская Святогорская Лавра и Свято-Троицкий Ахтырский монастырь. Решением Священного Синода Украинской Православной Церкви в 1997 году архиепископ Иннокентий причислен к лику святых.
Преемником святителя Иннокентия был епископ Филарет (Гумилевский; |1866). Истинный почитатель монашеской аскезы и один из первых русских церковных историков, автор фундаментального «Историко-статистического описания Харьковской епархии», избранный почётным членом Императорской Академии наук и всех Духовных академий Русской Православной Церкви.
Неоценим вклад в распространение Слова Божьего и развитие просвещения правопреемника архиепископа Филарета — знаменитого митрополита Московского Макария (Булгакова; +1882), с 1859 по 1868 годы — архиепископа Харьковского и Ахтырского. На многих стезях церковного служения владыка Макарий был первопроходцем: в учреждении монастырей и новых крестных ходов, в деле издания газет и журналов духовного содержания, материальной поддержке богословских исследований и трудов светских историков. При владыке Макарий в 1866 году в Харьковской епархии учреждается викариатство. Среди имён викарных владык Слобожанщины сугубо почитается память священномученика Василия (Богоявленского), архиепископа Черниговского и Нежинского, в 1909—1911 годах -- епископа Сумского, викария Харьковской епархии. Принявший в 1919 году мученическую кончину святой страстотерпец был двоюродным братом самого первого архипастыря Русской Православной Церкви, убитого безбожными гонителями в кровавые дни января 1918 года -- священномученика Владимира (Богоявленского), митрополита Киевского и Галицкого, цельбоносные мощи которого благодатно почивают под священными сводами Свято-Успенской Киево-Печерской Лавры.
Харьковскую епархию, как и всю нашу Церковь, не минули горькие плоды воинствующего безбожного наступления в начале XX столетия. В переломные для жизни государства и общества 1914—1918 годы правящим владыкой епархии Господь судил стать выдающемуся иерарху Вселенского Православия -- приснопамятному митрополиту Антонию (Храповицкому; +1936).
Несокрушимая твёрдость его веры, принципиальность в отстаивании святых догматов Церкви снискали владыке Антонию бесспорный авторитет и уважение среди представителей самых различных слоев общества. Митрополит Харьковский и Ахтырский Антоний был в числе первых претендентов на Патриаршество во время деяний Поместного Собора Русской Православной Церкви 1917—1918 годов, затем — Первоиерархом Русской Православной Церкви за границей.
В лютую годину «огненного искушения» (1 Пет. 4,12) 1920-х -первой половины 1930-х годов Харьков был не только столицей Украины, но и местом ссылки для православных архиереев, подвергнутых гонениям от безбожников: священномученика Онуфрия (Гагалюка), епископа Елисаветградского, священномученика Дамаскина (Цедрика), епископа Стародубского, священномученика Антония (Панкеева), епископа Мариупольского, священномученика Макария (Кармазинова), епископа Уманского и других. На Харьковской кафедре начиналось архипастырское служение священномученика Константина (Дьякова), митрополита Киевского, Экзарха Украины, в 1937 году умученного в застенках Лукьяновской тюрьмы. В 1993 году, как председатель Синодальной комиссии Украинской Православной Церкви по канонизации, я обратился к Священноначалию с инициативой о прославлении этих подвижников веры Христовой в лике святых. На Слобожанской земле, в сане епископа Старобельского, викария Харьковской епархии право правил слово Христовой истины владыка Павел (Кратиров), прославленный Юбилейным Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 2000 года в сонме святых новомучеников и исповедников XX столетия.
Потрясения первых послереволюционных десятилетий, поругание храмов и отчуждение святынь, попытки полностью уничтожить канонический церковный организм и поддержанный безбожниками обновленческий и самосвятский расколы, священная Великая Отечественная война и вторжение фашизма,— это отметины того драматического времени, названного историками «трагедией Русской Церкви» и вместе с тем ставшего, по слову приснопамятного Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (+2008), временем её величия: Церковь, искони утверждавшаяся кровью мучеников, явила Богу сонм святых, которые засвидетельствовали свою веру страданиями за Христа.
В течение военных лет, со дня освобождения Харькова 23 августа 1943 года до победного мая 1945-го Харьковское епархиальное управление передало в Фонд обороны до 15 000 000 рублей, а за весь период Великой Отечественной войны – около 40 миллионов рублей.
Эти средства стали весомой частью всех пожертвований Русской Православной Церкви, за счёт которых были построены две танковые колонны имени Димитрия Донского, воздушная эскадрилья имени святого благоверного князя Александра Невского и несколько самолётов под именованием «За Родину», переданные от лица верующих Русской Православной Церкви доблестным воинам Красной армии - защитникам Отечества, подвиг которых, душу свою положивших за други своя (ср. Ин. 15, 13), бессмертен в очах Божиих и в людской памяти.
Ослабление гонений на Церковь в первые послевоенные годы и новый трагический период конца 1950-х — начала 1960-х годов, когда по отношению к Православной Церкви проводилась политика всемерного ограничения и грубого вмешательства во внутреннюю жизнь, характерные для периода второй половины 1960-х — начала 1980-х годов ущемление прав верующих людей, атеистическое воспитание и пропаганда, отделение Православия от жизни общества — всё это история нашей Церкви в минувшем XX столетии, история Отечества нашего, история нашего народа.
Период конца 1980-х годов стал временем исполненное особых знамений, время благотворного возрождения, которое уже сейчас многие богословы и историки называют Вторым Крещением Руси. Юбилейный 1988 год — год празднования 1000-летия Крещения Руси — всколыхнул народное сознание и принёс с собой существенные перемены в жизни Церкви и общества.
В священную историю Церкви Христовой в новой Независимой Украине навсегда вошёл 1992 год — год проведения в городе Харькове Архиерейского Собора Украинской Православной Церкви, сохранившего чистоту и единство Православия для всей Украины и избравшего мудрым Кормчим боголюбивого украинского народа Блаженнейшего Владимира (Сабодана), Митрополита Киевского и всея Украины, Предстоятеля Украинской Православной Церкви, 121 -го митрополита Киевского в более чем тысячелетней истории Православия на Святой Руси.
За годы пребывания на Харьковской кафедре нынешнего правящего архиерея – Высокопреосвященнейшего Никодима, митрополита Харьковского и Богодуховского, возрождены десятки святых храмов, комплекс строений на территории Покровского монастыря. В 1993 году было возрождено Харьковское Духовное училище, в 1996 году решением Учебного комитета при Священном Синоде Украинской Православной Церкви преобразованное в семинарию, восстановлены епархиальные периодические издания — «Харьковские епархиальные ведомости», «Православна Харківщина», «Покровский вестник». В 2000 году вышел из печати первый номер возрождённого богословско-философского журнала «Віра і Розум». Основанный в 1884 году по благословению архиепископа Харьковского и Ахтырского Амвросия (Ключарёва; +1901) и выходивший до 1917 года, журнал «Вера и разум» стал издаваться на пять лет раньше, чем московский журнал «Вопросы философии и психологии» (1889—1918), который до сих пор считается первым отечественным философским журналом.
В 2009 году Харьковской епархии возвращен Свято-Успенский собор.
20 июля 1997 года за Божественной литургией в Свято-Борисо-Глебской женской обители с. Водяное Змиевского р-на Харьковской области произошло чудесное обновление иконы Спаса Нерукотворного. Осеняют благодатным покровом Слободскую землю Озерянская и Песчанская иконы Царицы Небесной.
